Trung tâm Phục vụ hành chính công đang đối mặt với khó khăn về hạ tầng, thiết bị và nhân lực. Để duy trì hoạt động, các địa phương đang tìm kiếm nguồn lực bổ sung từ thanh niên tình nguyện và doanh nghiệp. Bộ Nội vụ đang tập trung giải quyết vấn đề phụ cấp cho cán bộ, công chức cấp xã và đang thống nhất một mô hình tổ chức chung cho hệ thống này.
